Die Projektorganisation des NRP-Projekts wurde durch eine Projektleitung/Koordinationsstelle, eine strategische Projektbegleitgruppe, Präventions- und Gesundheitsfachpersonen sowie punktuell weitere, externe Unterstützung sichergestellt. Neben der Leitung und Projektkontrolle war die Projektleitung für die Koordination, Kommunikation und Sensibilisierung des Projekts, Bindeglied zwischen den Anspruchsgruppen wie Verbände, Arbeitnehmer, Arbeitgeber und Sozialpartnern sowie die Verbindung zu den Fachstellen und anderen Gesundheitsprojekten zuständig.